Drugim zespołem czynności kontroli zdrowotnej nad wychowaniem fizycznym w szkole jest bezpośredni nadzór służby zdrowia nad zajęciami wychowania fizycznego i sportu szkolnego. Pielęgniarka szkolna obowiązana jest obserwować ćwiczące dzieci oraz zwracać szczególną uwagę na bezpieczeństwo ćwiczących. Urazowość na zajęciach wychowania fizycznego stanowi około V3 ogółu wypadków w szkole i poza szkołą, powodujących ponad dwudziestodniową przerwę w nauce szkolnej. Analiza wypadków na zajęciach wychowania fizycznego wskazuje, że wśród przyczyn wypadków najważniejsze miejsce zajmują nieodpowiednie metody pracy nauczyciela, wynikające z braku stopniowania trudności ćwiczeń i niedostosowania ćwiczeń do poziomu usprawnienia i wydolności ucznia. Innymi przyczynami są samowola młodzieży, brak zapewnienia ochrony podczas ćwiczeń, niewłaściwa organizacja zajęć oraz zły stan techniczny urządzeń ; sportowych i przyrządów do ćwiczeń. Wypadki mają miejsce zarówno na sali gimnastycznej, jak i na boiskach sportowych i placach gier. Na salach gimnastycznych do wypadków dochodzi najczęściej podczas skoków gimnastycznych przez przyrządy oraz gry w koszykówkę i piłkę siatkową, zaś w czasie zajęć na powietrzu podczas gry w piłkę nożną i ręczną, skoków oraz biegów.
Bieżący nadzór sanitarny nad warunkami środowiska, w którym odbywają się zajęcia wychowania fizycznego i sportu szkolnego jest następnym zadaniem w kontroli zdrowotnej tych zajęć. Warunki odpowiadające określonym przepisami normatywom higienicznym powinna zapewnić szkoła. W jej imieniu odpowiedzialny jest za to nauczyciel wychowania fizycznego. W ramach nadzoru pracownicy szkolnej służby zdrowia zobowiązani są do oceny tych warunków w szkole.
