Dwuetapowy tryb kwalifikacji może być nieprzestrzegany jedynie w stosunku do:

Dzieci chorych na cukrzycę, dzieci obarczonych określonymi wadami wzroku oraz dzieci z upośledzeniem umysłowym. Kwalifikacji wstępnej i ostatecznej dokonują w tych przypadkach poradnie specjalistyczne opiekujące się stale dzieckiem, informując jednocześnie lekarza szkolnego o skierowaniu dziecka na odpowiednie kolonie oraz zobowiązując go do przekazania informacji dotyczących zdrowia w ogóle. Kwalifikacja lekarska na kolonie łączy się ściśle z dokumentacją zdrowotną. Za podstawowy dokument zdrowotny na kolonii zdrowotnej uważa się kartę kwalifikacyjną uczestnika placówki wypoczynku dla dzieci i młodzieży. Karta ta powinna być dokładnie rzetelnie wypełniona. Zwraca się szczególną uwagę na wypełnienie przez rodziców części anamnestycznej karty. Dotyczy to zarówno przebytych chorób, zgłaszanych dolegliwości, zaobserwowanych’: objawów chorobowych i innych uwag na temat stanu zdrowia dziecka. Informacje te, pod warunkiem ich prawdziwości, są bardzo przydatne w opiece nad dzieckiem w trakcie trwania kolonii. Nie mniej ważne są informacje higienistki szkolnej oraz opinia lekarza szkolnego. Opinia ta jest rozszerzona o orzeczenie i zalecenia lekarskie wystawiane przez odpowiednią poradnię specjalistyczną. Udokumentowane są one we wkładce specjalistycznej, która jest drugim obowiązującym dokumentem zdrowotnym uczestnika kolonii zdrowotnych.