Lekarze szkolni (lekarze poradni dla dzieci, lekarze ośrodków zdrowia), typują spośród dzieci rejestrowanych w określonych grupach dyspanseryjnych te, którym pobyt na koloniach zdrowotnych jest szczególnie wskazany. Dzieci te, dodatkowo przebadane i wyposażone w odpowiednią dokumentację zdrowotną (kolonijna karta zdrowia, wkładka uzupełniająca badanie dodatkowe, książeczka zdrowia dziecka) są kierowane na drugi etap kwalifikacji do określonej, odpowiadającej profilowi choroby poradni specjalistycznej na stopniu wojewódzkim. Drugi etap kwalifikacji właściwej dokonywany jest przez placówkę specjalistyczną, której orzeczenie jest miarodajne dla organizatora. Na kolonii zdrowotnej mogą znajdować się tylko dzieci zakwalifikowane przez poradnię specjalistyczną. Poradnię taką typuje w województwie wojewódzka przychodnia matki i dziecka (specjalistyczny zespół opieki zdrowotnej nad matką i dzieckiem) informując jednocześnie organizatora o uprawnieniach danych takiej poradni. W stosunku do dzieci z wadami mowy, uprawnienia takie może otrzymać także poradnia wychowawczo-zawodowa resortu oświaty i wychowania.
