Mogą być spowodowane nieprawidłowościami organizacji szkoły (m. in. braki w wyposażeniu szkoły w urządzenia i pomoce naukowe, duża liczba uczniów w klasie, dwu lub trójzmianowość nauczania), bądź przeładowaniem lub niedostosowaniem do możliwości umysłowych dziecka programów nauczania. Dużą rolę w przyczynach niepowodzeń przypisuje się błędom i usterkom w realizacji zasad nauczania. Nie bez znaczenia jest tu przygotowanie zawodowe nauczycieli oraz stosowane metody nauczania. Wielu pedagogów widzi w dydaktyce główne przyczyny niepowodzeń szkolnych. Także zaburzenia w stanie zdrowia odgrywają obok wyżej wymienionych przyczyn, pewną rolę. Mechanizm tego wpływu może być dwojaki, albo przez bezpośrednie działanie na organizm,ucznia, a zwłaszcza jego ośrodkowy układ nerwowy, czynników obniżających wydolność umysłową albo przez usunięcie ucznia ze środowiska szkolnego (absencja chorobowa) z następowymi brakami w wiadomościach. Pierwszy z przytoczonych mechanizmów tłumaczy niepowodzenia szkolne z takich przyczyn, jak choroby układu nerwowego, opóźnienia somatyczne, niedosłuch, wady wzroku oraz zaburzenia mowy, drugi zaś z powodu gorączki reumatycznej, gruźlicy i urazów oraz innych chorób, wykluczających dziecko z nauki w szkole. Wydaje się, że pierwszy mechanizm odgrywa rolę znacznie ważniejszą.
