Ich przyczyną są zwykle konflikty interpersonalne między uczniami oraz uczniami a nauczycielami, niewłaściwe metody wychowawcze i dydaktyczne stosowane przez szkołę oraz stany przemęczenia uczniów. Przyczyny niepowodzeń wychowawczych mogą też mieć swoje źródło w środowisku lokalnym, w masowych środkach przekazu, nieodpowiedniej lekturze, filmach itp. Drugie podstawowe źródło przyczyn trudności wychowawczych leży w samym uczniu i jest warunkowane zaburzonym genotypem lub bagażem chorobowym dziecka. Wyrazem tego jest charakteropatia, psychopatia i nerwowość (nerwice) dziecięca. Przyczyną kteiopatii są organiczne uszkodzenia mózgu. Do organicznego uszkodzenia mózgu dochodzi zwykle w życiu płodowym lub we wczesnym dzieciństwie. Czynnikami je wywołującymi są zwykle czynniki toksyczne, urazowe lub infekcyjne. Spośród tych ostatnich są to najczęściej zapalenia mózgu i opon mózgowo-rdzeniowych. Powstałe w wyniku procesów chorobowych zmiany w ośrodkowym układzie nerwowym powodują takie zmiany charakteru ucznia, które rzutują na jego zachowanie. Są nimi nadmierna pobudliwość lub spowolnienie, duża wrażliwość i chwiejność emocjonalna, trudności w skupianiu uwagi i dostosowywaniu się do obowiązujących norm, osłabienie woli.
